Vlada Republike Hrvatske je još 2003. donijela odluku o uključivanju u ciklus OECD/PISA 2006. Potpisan je ugovor o sudjelovanju s OECD-ovim Sekretarijatom za obrazovanje te je početkom 2004. godine imenovana nacionalna voditeljica projekta. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa osiguralo je prostor  za rad PISA centra koji je do kraja 2006. godine bio u sastavu tadašnjeg Zavoda za unapređivanje školstva RH.

PISA centar kao provedbena jedinica prelazi u Nacionalni centar za vanjsko vrednovanje obrazovanja nedugo nakon njegova osnivanja, odnosno početkom 2007.  godine.

Republika Hrvatska produžila je svoje sudjelovanje u PISA programu u rujnu 2006. godine potpisivanjem ugovora o nastavku sudjelovanja u ciklusu PISA 2009.